Ištakos
KTU Matematikos ir gamtos mokslų fakulteto ištakos siekia 1922 m., kai Lietuvos universitete (nuo 1930 m. pavadintame Vytauto Didžiojo vardu) buvo įkurtas Matematikos-gamtos fakultetas. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, 1940 m. rugpjūčio mėnesį Matematikos-gamtos fakultetas buvo iškeltas į Vilniaus universitetą, tačiau Kauno universitete liko Fizikos katedra.
KTU
1993 m., sujungus Aukštosios matematikos, Bendrosios matematikos ir Fizikos katedras įkurtas Fundamentaliųjų mokslų fakultetas. 1993 m. Bendrosios matematikos katedra pavadinama Matematinės sistemotyros katedra, o Aukštosios matematikos katedra –Taikomosios matematikos katedra. 2014 m. sausio 1 d., vykdant Kauno technologijos universiteto atsinaujinimo programą, Fundamentaliųjų mokslų fakultetui buvo sugrąžintas senasis pavadinimas ir jis tapo Matematikos ir gamtos mokslų fakultetu.
