Vytauto Didžiojo universitetas 1941–1944
Prasidėjus Vokietijos ir Sovietų sąjungos karui, Kaune kilo Lietuvių aktyvistų fronto vadovaujamas sukilimas prieš sovietų kariuomenę. Sukilime aktyviai dalyvavo universiteto studentai ir dėstytojai. Laikinoji Vyriausybė 1941 m. liepos 3 d. posėdyje nutarė, kad visos švietimo įstaigos vadovaujasi statutais ir įstatymais, galiojusiais iki 1940 m. birželio 15 d. Vokiečių okupacinė valdžia pareikalavo atleisti žydų tautybės dėstytojus, pašalinti žydų ir lenkų tautybės studentus. 1941 m. rugpjūčio 1 d. Laikinoji vyriausybė patvirtino VDU statuto pakeitimus. Ji atkūrė Teologijos fakultetą ir naujai įsteigė Filosofijos fakultetą, tačiau rugpjūčio 13 d. ji buvo paleista. Lietuvių institucijoms vadovauti buvo paskirti generaliniai tarėjai. Švietimo generaliniu tarėju tapo Pranas Germantas-Meškauskas, gynęs lietuvių švietimo sistemą nuo nacių suvaržymų. 1941 m. rudenį buvo leista studijuoti tik vyresniųjų kursų medikams, technikams ir chemikams. Uždrausta priimti studentus į pirmus kursus, tačiau remiantis 1937 m. Universiteto statuto straipsniu, buvo priimami laisvieji klausytojai ir hospitantai.
Nacių okupacijos metais Lietuvoje vyko įvairių formų masinis antinacinis pasipriešinimas, pasireiškęs pilietinio nepaklusnumo akcijomis ir pogrindinės spaudos gausumu, veikė daug lietuviškų antinacinių pasipriešinimo organizacijų. Vokiečių administracijos keturis kartus skelbta mobilizacija į vokiečių SS dalinius nepavyko. Prie to prisidėjo Vyriausiojo Lietuvos išlaisvinimo komiteto ir lietuvių pogrindžio veikla.1943 m. kovo 16 d. vokiečiai suėmė 46 įkaitus – mokslininkus, profesorius, visuomeninių ir politinių organizacijų atstovus, dvasininkus – ir kovo 25 d. juos išvežė į Štuthofo koncentracijos stovyklą. 1943 m. kovo 17–18 d. buvo uždaryti Kauno ir Vilniaus universitetai, Dailės akademija ir Pedagoginis institutas. 1943 m. birželio pabaigoje Vytauto Didžiojo universiteto mokslo personalui buvo leista dirbti prof. H. Stegmanno aprobuojamus mokslo darbus, leidimą laikyti egzaminus gavo Medicinos, Statybos ir Technologijos fakultetų studentai. Vokiečių okupacijos metais Universitetas išleido 772 diplomuotus specialistus: 293 gydytojus, 152 odontologus, 57 farmacininkus, 261 inžinierius ir 9 filologus ir filosofus.
