Muziejuje veikia penkios nuolatinės ekspozicijos: „Asmenybės universiteto ir valstybės istorijoje“, „Istorinė prof. K. Vasiliausko medžiagų atsparumo laboratorija“ , „Modernizmo perlas, gimęs iš meilės Lietuvai“, „Cheminės technologijos fakulteto istorijos fragmentai“ ir „Fizikos katedros muziejus“.
